建设工程交易中心的运行程序为：
1、报建备案；
2、招标方式确认；
3、履行建设项目招标投标程序；
4、签订合同；
5、进行质量；
6、安全监督登记；
7、交纳有关工程前期费用；
8、领取建设工程施工许可证。
建设资金来源的初步意向，国土、规划部门对拟建地点的意向性意见，中外合资项目必须有合资双方签订的协议及外方资信证明，建设单位将上述项目建议书及附件内容整理好后向建设项目所在地的市、行业主管部门初审，初审通过后报省审批；其次进行项目可行性研究报告审批：由项目建设单位以批准的项目建议书为依据编制，并由规划、国土部门确定项目建设地点，项目可行性研究报告的主要附件有批准的项目建议书；国土、规划部门的定点意见；建设资金来源的落实意见；中外合资项目必须要有中外各方的营业执照、资信证明、协议等相关材料；重大项目必须具备有资格的咨询评估单位的评估意见和经过批准的选址报告。由各地州市、行业主管部门初审后报省审批。最后进行投资计划申报程序，包括编制项目初步设计文件。项目初步设计经有关部门批准，并落实好其它建设条件，特别是建设资金后，即可申报年度建设计划。
法律依据：《中华人民共和国建筑法》第七条
建筑工程开工前，建设单位应当按照国家有关规定向工程所在地县级以上建设行政主管部门申请领取施工许可证；但是，建设行政主管部门确定的限额以下的小型工程除外。按照规定的权限和程序批准开工报告的建筑工程，不再领取施工许可证。
