法律分析：运输代理合同不缴纳印花税。应纳税凭证包括购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁技术合同或者具有合同性质的凭证，运输代理合同不属于应纳税凭证，因此，运输代理合同不缴纳印花税。
法律依据：《中华人民共和国印花税暂行条例》 第二条 下列凭证为应纳税凭证：
（一）购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；
（二）产权转移书据；
（三）营业账簿；
（四）权利、许可证照；
（五）经财政部确定征税的其他凭证。
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