被告公司一般不可以注销。由于被告公司在进行诉讼时，权利义务关系尚未明确，公司的清算组也不能准确的确定公司的资产和债权债务情况，所以要等诉讼结束后，公司经依法清算，才能申请办理注销登记。
《公司法》第二百一十一条公司成立后无正当理由超过六个月未开业的，或者开业后自行停业连续六个月以上的，可以由公司登记机关吊销营业执照。公司登记事项发生变更时，未依照本法规定办理有关变更登记的，由公司登记机关责令限期登记；逾期不登记的，处以一万元以上十万元以下的罚款。
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