农村集体土地被依法征收后，应由当地的市、县国土资源局支付土地补偿费。《中华人民共和国土地管理法实施条例》第25条明确规定，征地补偿、安置方案报市、县人民政府批准后，由市、县人民政府土地行政主管部门组织实施。征地补偿费支付方式是直接发给被征地农民和农民集体。国务院办公厅《关于规范国有土地使用权出让收支管理的通知》规定，有条件的地方，土地补偿费、安置补偿费以及地上附着物和青苗补偿费等相关费用中应当支付给被征地农民的部分；可以根据征地补偿方案，由集体经济组织提供具体名单，通过发放记名银行卡或者存折的方式直接发放给农民。
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